בהקדמה ל"תולדות עם ישראל" (ספר לימוד לבני 10–13) קובע אז"ר עיקרון נחרץ: אין בדיה היסטורית, גם לא למטרה מוסרית:
"נזהרתי לבלי הכנס בספרי מה שהוא נגד האמת ההסתורית ולא רציתי להונות את הילדים, אף שלכאורה יש בהונאה זו מעין תועלת מוסרית. לדעתי למטרה קדושה נחוצים גם אמצעים קדושים ואמתיים." אז"ר, "דבר אל הקוראים", הקדמה ל"תולדות עם ישראל" (פולטבה, י"ד טבת תרנ"ז/1897); פרויקט בן־יהודה.
וכלל משלים, לא לכלול את הבלתי־מאומת:
"גם לא הכנסתי את העובדות הבודדות, שאין סבתן וזמנן ידועות לנו ברור, כי כל זמן שלא הוברר הדבר הרי הוא בעינינו כחידה ולא עובדא הסתורית." שם. (וכן: לא להעמיס שמות חסרי משמעות; ולכתוב עברית חיה ופשוטה, לא כבולה בשפת המקרא.)
הספר (32 פרקים, מהחורבן עד העת החדשה) נשען על תזה אחת: הרציפות העיקשת של הישוב היהודי בארץ:
"הישוב היהודי נבנה ונחרב, נבנה ונחרב. היום מחריבו טיטוס, מחר אדריאנוס, ביצנצים, פרסים, ערביים, צלביים, מונגולים, מצרים, תרכים… מחריבים ומחריבים, והישוב חוזר ונבנה. אם לפי שעה אין בתים, יושבים במערות; אין לחם, אוכלים עשבים." אז"ר, "תולדות היהודים בארץ ישראל", הקדמה (יפו, אלול תר"פ/1920); פרויקט בן־יהודה.
הסמל המאחד אצלו הוא השומר ("על חומותיך ירושלים הפקדתי שומרים"): "אגודת 'השומר' היתה סמל של הישוב היהודי בארץ ישראל, שכולו היה שומר על ארצו בכל תקופת הגלות הארוכה", וזו "הגבורה העליונה, העקשנות של ברזל".
אז"ר נוהג ביושר היסטורי גם בהגדרת גבולות עבודתו: על תקופת המשנה והתלמוד "עברתי בסקירה כללית קצרה", כי כבר עסקו בה "גדולים וטובים ממני: גרץ, ויס, הלוי"; ועל הישוב החדש (מתרמ"ב ואילך):
"לא הרחבתי הדבור, מפני שהחמר ההסטורי עדיין תוסס, ועוד לא הגיע הזמן להוציא עליו משפט ברור." שם.
כמקור עיקרי השתמש בספרות השאלות והתשובות, "כי מהם אפשר ללמד על המצב הכלכלי, המדיני והמוסרי של היושבים בארץ ישראל בתקופות שונות", ובמחקרי א. מ. לונץ.