אז"ר היה מן הראשונים שהכירו בגדולת הרב קוק (שבא לכהן ביפו ב-1904; אז"ר עצמו עלה 1905/6), והיה מקרב אליו את חבורת הסופרים, מביא אותם ל"סעודה שלישית" בבית הרב. קשר זה עולה גם בזכרונותיו: בפרק "ריב־משפחות" (ראו "קו אֵם־האם") הוא מספר ששוחח עם הרב קוק ביפו על חרם האדמו"ר הזקן, והרב השיב לו באנקדוטה מווילנה.
הרב קוק העריך את אז"ר והפקיד בידו כתבי־יד שלו לעריכה ולהכנה לדפוס, ובהם החיבור "עין איה" (פירושו לאגדות הש"ס); אז"ר טיפל בכתב היד וערך לו מפתחות מפורטים.
מחקר (תיעוד במחקר על הראי"ה ובמקורות בית־מדרשו).
עדות לקרבה: על דף השער של "כתבי א.ז. רבינוביץ" כרך ב' (יפו, תרע"ד/1914), הקדשה חתומה בכתב ידו של אז"ר לראי"ה קוק (מתועד בבית מכירות); וכן הזכיר אז"ר את "רש"ח קוק" בתודותיו בהקדמת תרגום בכר (ראו "אז"ר המתרגם").
בשנת 1911 (תרע"א), כעורך ספר הזיכרון "יזכור" לחללי השומרים והפועלים העברים (יפו, תרע"ג), פנה אז"ר אל הרב קוק וביקשו לכתוב דברי הספד. תשובת הרב, מסמך נדיר של איש הלכה המספיד חלוצים חילוניים שנפלו על ההגנה, התפרסמה לימים כמאמר:
"סופר נכבד, מר ז. רבינוביץ, הצגת לפני שאלה קטנה…" פתיחת מאמר הראי"ה קוק "על במותינו חללים", מכֻוון אישית אל אז"ר, בתשובה לבקשתו. (במאמרי הראיה; ובכתב־עת "סיני" כרך י"ז, תש"ה/1945.)
זהו, אם כן, מאמר־מכתב של הרב קוק המופנה ישירות אל אז"ר, שבו הרב נאבק בשאלה היאך מתאבלים על צעירים שמסרו נפשם על הארץ אך היו רחוקים מן הדת. תשובתו היא ממסמכי היסוד של משנתו על קדושת האומה כולה.
במאמר זה (שנכתב לבקשת אז"ר) פורש הרב קוק את לבטיו ואת "מלחמת הרוח הטרגית" שבה היה נתון, היאך מספידים גיבורים שמסרו נפשם על הארץ אך היו רחוקים מן הדת. זהו אחד ממסמכי היסוד של סינתזת התורה־והעבודה, והוא נולד מפנייתו של אז"ר.
מחקר (הרב קוק, "על במותינו חללים", במאמרי הראי"ה; מתועד שנכתב לבקשת אז"ר לספר "יזכור").
הדבר עולה בקנה אחד עם פועלו: אז"ר ערך את "יזכור" (בו גם דיוקן ר' יהושע ברזילי), והוא שהזכיר את ספר "יזכור" במאמרו "קנין המולדת" כראיה לאהבת המולדת (ראו "ציונות ובניין הארץ").
בתמוז תר"פ הוציא הראי"ה קוק קונטרס "התחיה השלמה או תחית הקודש". אז"ר השיב לו במאמר נושא אותו שם, מסמך ראשוני של דו־שיח ישיר בין השניים. הוא מסכים עם קוק שאין להסתפק ב"תחיה של חול": מקור ראשון, אז"ר
"רבנו ראי"ה קוק הוציא קונטרס 'התחיה השלמה או תחית הקודש'… רוצה הוא שיחיה גם הקודש, או יותר נכון שהקודש יחיה את החול, ישפרהו ויעלהו. לא אכחד, כי גם אנכי רוצה בזה, ובכן אנסה לחפש את הדרך…" אז"ר, "התחיה השלמה" (קונטרס, תמוז תר"פ), בן־יהודה read/43904.
דרכו של אז"ר אל הקדושה היא דרך העבודה הכשרה: בגולה היו החיים "מבוססים על אונאה ותרמית", ואם יימשך "טנופת הגלות" בארץ, "איזו תחית קודש יכולה להיות?" התרופה: "לבסס את חיינו על העבודה הכשרה… יגיע כפיך כי תאכל… ואז… יהיה מקום לקדוֹשה שתשרה בתוכנו". ובתוך הדברים הוא משמר אמרה ששמע מפי הרב עצמו:
"מימרא ששמעתי מפי הרא"י קוק הנ"ל: 'עז שבאומות הוא עם ישראל! מלפנים, בעת שמסביב לארץ־ישראל היו ממלכות אדירות עובדות אלילים, עמד לו לוי קטן ודל, בעל עינים נוצצות, עם כנור קטן על דוכנו בבית־המקדש ומנגן לו ושר לו בעוז ובודאות גמורה: יבושו כל עובדי פסל… השתחוו לו כל אלהים!'" שם, דברי הראי"ה קוק כפי שאז"ר שמעם וצטטם. אז"ר חותם בפנייה: "כך, רבנו היקר…".
הקשר לבית קוק לא הצטמצם לראי"ה אלא הקיף גם את בנו, הרב צבי יהודה (הרצי"ה): אז"ר ערך עמו את כתב־העת "התרבות הישראלית", ברוח הראי"ה, שאף פרסם בו את "זרעונים". לעדות הרצי"ה, הקובץ נועד מלכתחילה לשמש "קונטרה" ל"השילוח" של אחד־העם, אך הופסק כבר אחרי הגיליון הראשון עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה.
עוד בחיי הראי"ה הקדיש לו אז"ר מאמר־הערצה, "כתר תורה, לצורתו הרוחנית של רבנו" (ב"לוח ארץ ישראל" של א"מ לונץ, תרע"ב/1912), ביטוי מוקדם להוקרתו את דמותו הרוחנית של הרב. מקור "לוח ארץ ישראל" תרע"ב.