בלב פועלו עומדת ה"קריאה" שכתב ב-1905 וביקש להפיצה בעילום שם, "ידבר הוא בעד עצמו". הוא כיוון אותה לא אל השכל אלא אל הרגש:
"בו אדבר אל לבות צעירינו ואל נשמתם יותר מאשר אל הגיונם הקר. כי האהבה והגבורה, פרי הרגשות חזקות, תמיד מההגיון הקר, שלפעמים קרובות קצר־ראות הוא עד מאוד." יוסף ויתקין אל מ. אוסישקין (כפר־תבור, תרס"ה/1905), בן־יהודה read/17992.
הקריאה נועדה ככוח חינוכי: "עליהם לחנך לנו צעירים כרצוננו במשך הזמן, אם אינם נמצאים עתה".
וכך נשמעה הקריאה, אחד ממסמכי־היסוד של העלייה השנייה:
"עורו, עורו, צעירי ישראל, קומו לעזרת העם! עמנו גווע, ארצו עוד מעט ותחמוק ממנו לנצח, חושו, מהרו לעזרתו! הסתדרו, קבלו עליכם משמעת חזקה, משמעת לחיים ולמוות… עזבו, שכחו את כל מה שהיה יקר לכם עד עתה… ובואו לעבודת העם!" יוסף ויתקין, "קול קורא" (אדר א' תרס"ה/1905), בן־יהודה read/6727.
בלבה ריאליזם קשוח, "נודה גלוי שלא עשינו מאומה, ולכן גם לא השגנו מאומה!", ותביעת מסירות מוחלטת: "עלינו להכיר סוף־סוף שאת אניותינו כבר שרפו, שמפלט ומנוס אין לנו". וחתימתה: "מוטב על המָגֵן ואַל בלעדיו!… חַדשו את ימי ה'ביל\"ויים' ביתר שאת ועוז, כי עוד מעט ואבדנו".
ויתקין לא היה רומנטיקן. הוא בחן מקרוב את הפועלים הראשונים שהגיעו, ומצא שרובם אינם מוכנים לתעודה, פרט לקבוצת הומל (ראשוני פועלי־ציון):
"הם באו הנה תחת השפעת הרגע בראש מבולבל מהמון שיטות שלא יכלו לעכלן… לעבודה לאומית ענָוית ושוקטה, עבודה אִטית ומלאה מסירות־נפש, לא הרגילום ולא חינכום." שם, אל אוסישקין. מסקנתו: יש לארגן ולחנך את האגודות עוד בגולה, "בטרם תבואנה הנה".
מכתביו פורשים מפת קשרים ענפה של העלייה השנייה. עם אוסישקין ניהל התכתבות אסטרטגית, על הקריאה, על ההגירה, ועל הגנת מתולה (שם הציע, בחדות מפתיעה, יישוב במקום הגנה צבאית):
"גדול כוחן של 30 משפחות המתישבות במקום חדש ליהד את הסביבה ולתת לה את הבטחון, מאשר לוּ נוספו עוד הרבה משפחות אל המושבה הקיימת." שם, אל אוסישקין (על מתולה). וכן הציע לשכת־מודיעין כלכלית, ספרייה ע"ש הרמב"ם בטבריה, וחדירת צעירים אל הממשל העות'מאני.
ולמשפחת פוחצ'בסקי (ראשון־לציון) כתב מכתבים אישיים, ליריים ושנונים, החושפים את בדידותו במסחה:
"ואצלי בוץ, בוץ ובוץ!… הרחוב ריק מאדם, המוח ריק ממחשבות והלב גם הוא חלל!… וצחוקי זה אנחה היא, ומהול הוא בדמעות…" שם, למשפחת פוחצ'בסקי (תרס"ה).
ב-1907, בווינה (אחרי ניתוח, ומות אביו), עלה בו חזון נבואי, לנסוע לרוסיה ולעורר את העם:
"ויש אשר אשמע קול פנימי קורא אלי לאמור: לך והינבא לעם הזה, נחם אותו… השלךְ מלבו את שברי אליליו ובנה שם מזבח לאלוהי ישראל… ושוט בערי ישראל ומצאת נשמות צעירות, נשמות עבריות טהורות, המבקשות את אלוהים וטרם מצאוהו." שם, אל אוסישקין (וינה, תרס"ח/1907).
אך סירב להיות "משולח" (גבאי־צדקה): "רוצה אני לבוא לפני המוננו לא בתור משולח ארצישראלי, אלא בתור אדם שחי עשר שנים בארץ־ישראל… ובא לידי אלו ההכרות, שאותן הוא מטיף". בגלוי לציוני וינה הוא תקף את ה"ציונות של רחמנות" שמזניחה את חינוך הבנים.
אז"ר כתב את הקדמת־ההספד ל"מבחר כתבי ויתקין" (תרע"ב), נמשך אל "עדינות רוחו". ומצדו של ויתקין, במאורע ברנר (1911) קיבל מכתב מאז"ר, א. ציוני (וילקנסקי) ור' בנימין, שלושת מזמיני אספת־הסופרים, והשיב בעמדה מורכבת:
"קיבלתי מכתבם של אז"ר, א. ציוני ור' בנימין… גם אני חושב שמאמרים כאותם של ברנר המה ממש מסוכנים, אך ההצעה שבאה אחרי ההחלטה אינה אלא פרי אהבה טיפשית." שם, אל י' אהרונוביץ (תרע"א). ויתקין אף חתם על החלטת־המחאה (הערת מהדורת יד בן־צבי).
הערת המהדורה מציינת ש"גם אז"ר וגם ר' בנימין היו אנשים דתיים שומרי מצוות", מכנה משותף עם ויתקין הרוחני. ראו "דיוקנאות העלייה השנייה" ו"אז"ר וברנר, מאורע ברנר".
ברית שיכלה לחלוק: כאן מתגלה עומק הברית, ויתקין ואז"ר היו בעלי־ברית שחלקו זה על זה בעניין ברנר עצמו. ויתקין סבר שמאמרי ברנר "ממש מסוכנים" (ואף כתב נגדם, "שנאה והערצה עצמית"), בעוד אז"ר היה ידידו המסור של ברנר ומגינו. ובכל זאת שניהם עמדו יחד על עקרון חופש הביטוי, לא מתוך הסכמה עם ברנר אלא מתוך התנגדות ל"פירודים" ולכפיית דעה (ראו "כולנו יהודים"). אחדות־בתוך־מחלוקת, בדיוק משנת אז"ר.
שנותיו האחרונות היו קשות: 13 שנות הוראה במסירות וללא תשלום, ובסופן מסע השמצה נגדו ב"האור" (חוברות "דלילה" מאת מורה מקנא). וכך תיאר זאת בכאב:
"חייל עממי צנוע עובד בשדה החינוך 13 שנה עבודה של מסירות נפש… ואחר־כך תבוא מערכת, הדוגלת בשם אותה האידיאה שהמורה הלז מסר את נפשו עליה, ותשפוך עליו קיתון של שופכין. הייתכן כדבר הזה?" שם, אל צבי הוכברג (תרע"א). ויתקין נפטר ב-1912, צעיר.